Vào khoảng năm Giáp Ngọ (1744), Thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc (1725-1821, là người đem chi phái Lâm Tế dòng đạo Bổn Nguyên vào miền Nam Việt Nam trước tiên)[3], vâng lời thầy theo lớp người lưu dân từ Đồng Nai xuống phía Nam. Trên đường đi, nhà sư gặp một tăng sĩ không rõ họ tên, cùng lứa tuổi và họ đã kết thành huynh đệ. Đến nơi ở mới là làng Tân Lộc (có tư liệu viết là làng Hoạt Lộc hay xóm Chợ Đũi), hai nhà sư cùng khai phá rừng và dựng lên một am lá (khoảng năm 1744) thờ Phật. Vài năm sau, nhà sư vô danh kia tách ra lập am riêng, cách am cũ vài mươi mét, để tiện việc tu hành.

Đến năm Nhâm Thân (1752), Thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc tu bổ am lá thành chùa, và đặt tên là chùa Từ Ân, với ngụ ý là "nhờ lòng từ bi và ân huệ của đức Phật mà bá tánh được bình an, tạo được cuộc sống ấm no và hạnh phúc nơi vùng đất mới". Cũng khoảng thời gian đó, nhà sư vô danh cũng tu bổ am lá trước đây thành chùa, và đặt tên là chùa Khải Tường, với ngụ ý là "mở rộng phước lành cho bá tánh" [4]. Vì thế khi thực dân Pháp tiến chiếm Gia Định, họ gọi chùa Khải Tường là chùa Trước (pagode Avancée) còn chùa Từ Ân là chùa Sau[5].

Theo Đại Nam nhất thống chí của triều Nguyễn, thì lúc bấy giờ "chùa Từ Ân ở thôn Hòa Hưng, huyện Bình Dương, nhà chùa tráng lệ, cảnh trí u nhã"...[6].

Sau một thời gian hoằng hóa, vị sư trụ trì ở chùa Khải Tường viên tịch, thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc trụ trì luôn cả hai chùa. Do tài đức của thiền sư, mà hai tự viện trở nên có tiếng ở vùng Gia Định [7].

Trong giai đoạn chiến tranh giữa Tây Sơn với chúa Nguyễn Phúc Ánh, cả hai chùa từng là nơi ở của vị chúa này và đoàn tùy tùng (chùa Từ Ân là nơi dành cho chúa và quan quân, còn chùa Khải Tường là nơi dành cho các phi tần)[8]. Về sau nhớ ơn cũ, năm 1822 [9], vua Minh Mạng đã sắc phong chùa Từ Ân là "Sắc Tứ Từ Ân Tự".

Năm Tân Tỵ (1821), Thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc viên tịch tại chùa Từ Ân, sau đó di cốt được đưa vào tháp trong khuôn viên chùa. Nghe tin sư huynh của mình là Thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc mất, Thiền sư Thiệt Thành-Liễu Đạt (khi ấy đã là Tăng cang chùa Thiên Mụ ở Huế từ năm 1817), vội vàng xin vua từ nhiệm để trở về làm trụ trì Từ Ân, tức ngôi chùa cũ của mình. Năm 1823, Thiền sư Thiệt Thành-Liễu Đạt tự thiêu vì không muốn sợi dây tình ái trói buộc với một vị Hoàng cô (chị vua Gia Long, pháp danh là Tế Minh-Thiên Nhật), vốn là một cư sĩ đã từng học đạo với sư.

Tiếp nối, Thiền sư Tế Chánh-Bổn Giác lên thay thầy làm trụ trì, sau đó là Thiền sư Tế Tín-Chánh Trực [10]. Trong thời vị sư này làm trụ trì, chùa Từ Ân và chùa Khải Tường đều lâm nạn binh đao bởi quân Pháp đến đánh chiếm. Theo tài liệu thì chùa Khải Tường bị quân Pháp chiếm làm đồn; còn chùa Từ Ân thì bị đốt cháy[11] sau khi các nhà sư ở đây rút chạy và "chỉ kịp đem cất giấu một số món đồ, nhờ vậy mà chùa Từ Ân ở gần chợ Gạo (Phú Lâm) ngày nay còn được một số hiện vật kỷ niệm" [12]